Antes de la llegada de los conquistadores castellanos, la zona que se conoce como Valle de Guerra se encontraba habitada por los guanches, tal como demuestran los restos arqueológicos encontrados en diversos puntos de la localidad, siendo los más conocidos los provenientes de las cuevas de El Calabazo, en las laderas costeras del valle.
El valle le fue concedido al conquistador Lope Fernández por el capitán de la conquista Alonso Fernández de Lugo el 20 de septiembre de 1498, tomando entonces el nombre de su familia y levantando allí Lope en su piedad la ermita de San Francisco de Paula.
Valle de Guerra contó con alcalde de lugar al menos desde el siglo xvII, convirtiéndose en municipio independiente al amparo de la Constitución de Cádiz en 1812, aunque no sería hasta 1836 cuando el término quede definitivamente consolidado tras las alternancias entre gobiernos constitucionales y absolutistas de la primera mitad del siglo, y de la desaparición del régimen municipal único que había sido instaurado desde la conquista. El territorio de Valle de Guerra abarcaba entonces desde la costa hasta la cumbre, lindando con los municipios de El Rosario, Tacoronte, La Laguna y Tegueste, y comprendiendo dentro de su jurisdicción pagos como Guamasa, El Ortigal o Cruz Chica. En 1846 es agregado finalmente al municipio de San Cristóbal de La Laguna.
En el mes de octubre tienen lugar las fiestas de la Virgen del Rosario, celebrándose la tradicional Librea de Valle de Guerra, declarada Bien de Interés Cultural con categoría de ámbito local Se trata de una representación inspirada en la histórica batalla de Lepanto. La Librea contempla dos aspectos diferenciados, pero a su vez complementarios: el desfile de los barcos de la Virgen y la representación de la batalla naval con su preámbulo de relato de acontecimientos históricos.
La segunda fiesta más importante del pueblo, pero quizás la de mayor participación ciudadana, es la dedicada a San Isidro Labrador y Santa María de la Cabeza. Se celebra una tradicional y popular romería, considerada la tercera más antigua de Tenerife.